Die Mittelstufe der Christophorus Schule besteht aus 4 Klassen. Hierin beinhaltet sind die Jahrgangsstufen 4-6 sowie eine jahrgangsgemischte Klasse 5/6, die die leistungsstärkeren Schüler auf den M-Zweig (und somit auf den Mittleren Bildungsabschluss) vorbereitet.
Obwohl die 4. Jahrgangsstufe formal zur Grundschule gehört, wird sie an der Christophorus Schule der Mittelstufe zugeordnet, um den Schülern den Übergang von der Grund- in die Mittelschule (4. zu 5. Klasse) zu erleichtern. Durch sog. Partnerklassen innerhalb unserer Schule werden die Schüler bereits frühzeitig mit dem neuen Lehrer, dem neuen Klassenzimmer und veränderten Arbeitsweisen bekannt gemacht, um den Wechsel, sowohl von der Grund- in die Mittelstufe als auch von der Mittel- in die Oberstufe zu erleichtern.